Bí mật vượt thời gian là câu chuyện là câu chuyện về số phận trắc trở của Từ Nam Phương, cung phi của Hoàng đế Vạn Lịch. Khoảng cách trăm năm chỉ trong nháy mắt, duyên phận kỳ lạ đã đưa nàng đến tương lai 400 năm sau. Tại đây, nhiều biến cố ngang trái đã xảy ra, cuốn nàng vào vòng xoáy của tất cả âm mưu, tình yêu và thù hận. Bị cuốn vào tương lai, trở nên cô độc ở một không gian xa lạ, Từ Nam Phương cố níu lấy chiếc phao duy nhất mà mình gặp được - Thượng Quân Trừng. Và sự xuất hiện của Diệp Phi Vũ đã đẩy cả ba vào vòng xoáy của âm mưu và lừa dối, những nỗi hận thù từ bao thập kỷ, cha con tàn sát, mẹ con đoạn tuyệt, kiếp trước kiếp này…
Khối thiên thạch kỳ lạ là thứ duy nhất có thể giúp Từ Nam Phương trở về quá khứ, nhưng tiếc rằng nó đã rơi vào tay lão vương gia nhà họ Hạ. Gia tộc họ Hạ như một ngọn núi lửa dưới lòng đại dương, mà khối thiên thạch và sự xuất hiện của Từ Nam Phương chỉ là một chất xúc tác làm ngọn núi lửa ấy phun trào. Suốt mười năm giãy giụa nơi hậu cung đen tối, Từ Nam Phương đã không còn là cô gái ngây thơ và mơ mộng nữa. Lợi dụng - bị lợi dụng, tính kế - bị tính kế, âm mưu trùng điệp, bí mật sâu xa… quá trình lấy lại khối thiên thạch tràn ngập khó khăn; nhưng cũng giữa chiếc lưới của âm mưu và dối trá ấy, bông hoa tình yêu vẫn nở rộ, xoa dịu những trái tim đã băng giá từ lâu.
Cuối cùng Nam Phương cũng lấy lại được khối thiên thạch, nhưng cô vẫn không thể quay về quá khứ? Còn cần điều kiện gì mới có thể tác động khối thiên thạch? Đúng lúc này, cô phát hiện ra chân tướng của những điều mà cô từng cho là sự thật. Sự lựa chọn giữa trở về quá khứ và ở lại hiện đại, giữa sự an nguy của người cha thân thương và tính mạng của người đàn ông cô yêu. Số phận của cô, mối nhân duyên của cô sẽ có cái kết ra sao? Người đàn ông cô yêu là ai? Nhà họ Hạ sẽ thuộc về tay kẻ nào? Mọi thứ đểu là ẩn số, chỉ có khối thiên thạch kia mới giải mã được ẩn số ấy.
“Trên thế giới xa nhất khoảng cách
Không phải nháy mắt liền có thể tìm đến
Mà là chưa gặp nhau
Đã nhất định không được gặp nhau”.